马浸神是亚洲神学协会（亚协或ATA）会员之一。按照协会的章程，亚协是由各神学机构组成的团体，以福音派信仰与学识，共同服事教会，为主耶稣的使命，装备上帝的子民。亚协创始于1970 年，并于1978 年开始服务各机构的鉴定工作。于2018 年，马浸神的以下课程经鉴定获得承认: 神学学士（B.Th.）、基督教研究硕士（M.C.S.）、道学硕士（M.Div.）、教牧学文学硕士（M.A.P.S.）、宣教学文学硕士（M.A.I.S.）、整全儿童发展文学硕士（M.A.H.C.D.）、神学硕士（Th.M.）、宣教学博士（D.Miss.）及教牧学博士（D.Min.）。
马来西亚神学院校协会
马来西亚浸信会神学院是马来西亚神学院协会的创始会友之一。以下是马来西亚神学院校协会的目标：
促进马来西亚各神学机构的合作
提高有关机构的灵命及学术水准
为国内外基督教事工，加强神学群体间的联谊关系
马来西亚神学院校协会的第一届会议在本学院举行（两年一届）。
合作伙伴
马来西亚浸信会神学院深信以伙伴及联络网的观念提供高品质的神学教育于马来西亚及相邻地区。至今，马来西亚浸信会神学院与以下团体建立伙伴关系：
The Billy Graham School of Mission and Church Growth of the Southern Baptist Theological
Seminary, Louisville, Kentucky, USA.
Jubilee Initiative, Hong Kong
Compassion International, Asia
Child Theology Movement, UK
Asia Graduate School of Theology
CenturiHall, Inc. USA
Youth Ministry International, USA
US Center for World Mission
Christian University Global Net